當代台灣地方自治存在的問題有三：二元體制的失衡、地方政治的老化與寡頭化、政治效能感的低落。三者間又會互相加成。這三個問題背後對應三個價值預設，區域均衡的預設、公民社會的預設、共和主義的預設。
直轄市與縣市
所謂二元體制，就是直轄市與縣市（舊稱省轄縣市）。二元體制的失衡，表現在職權位階、行政能量、財政收支、公民社會等面向，尤其表現在基層自治團體。直轄市轄下有「區」，區僅為市政府的機關，並不具獨立法人格；縣轄下有「鄉鎮市」，鄉鎮市皆具獨立法人格。二元體制的失衡，也導致基層自治團體的地位失衡。
在直轄市這邊，由於除台北市外其他直轄市的面積都超過一千平方公里，包括相互依存的城市地區與周圍地區，接近城市區域（city region）的概念。但也因此，直轄市便存在城市地區與周圍地區的城鄉差距，這也導致直轄市政府被迫授與區公所（原鄉鎮市）更高的自主性。
在縣市這邊，以2015 年為例，除了新竹縣市（竹科）與離島三縣以外，其他縣 市都出現人口外流，這當然涉及產業的空間分布與直轄市的磁吸效應。長久下來，愈來愈少青年留在故鄉，甚至有劣幣驅逐良幣的傾向。結果就是地方政治持續由黑金勢力把持，這也導致縣政府有壓力與誘因來壓抑鄉鎮市公所與代表會，進而取消基層自治團體的法人格。
三位一體
就現況言之，改革勢所難免。以下，簡單說明可能的改革構想。歐洲經驗與日本經驗已經揭示，地方自治改革勢必是三位一體連動：區域劃分、財政規模、自治能力。換言之，地方自治團體的區域範圍要多大、財政收支要怎麼分、自治能力要到什麼程度，這些都必須連動來思考。
在可預見的未來裡，基層自治團體的存廢將會是爭議焦點。廢除方的理由大致 為裂解黑金政治、裂解派系政治、增加行政效率、減少財政開支；保存方的理由大致為鼓勵因地制宜、平衡區域發展、促進民主培力、落實基本權利。
觀察2010 年以來的態勢，鄉鎮市改制為區，並沒有顯著增加行政效率與減少財政開支，黑金政治與派系政治未必被裂解，但確實有改善地方政治的清廉性與公平性。然而比較嚴重的是，取消鄉鎮市層級的選舉，反倒壓抑青年參政的空間，變相加劇二元體制的惡化。有鑑於此，不管模型為何，也不管改革的路徑為何，二級制仍然是目前相對可欲的改革構想。
存廢外的思考
接受二級制的改革構想，以三位一體連動為前提，提供幾種思考：
1. 推動州郡二級制
北北基、桃竹苗、中彰投、雲嘉南、高屏、離島、花東七個「州」，宜蘭視狀況併入北北基或花東。人口規模以二十萬為準則，把台灣三百多個基層自治團體縮減為一百多個「郡」。優點是整齊美觀，規模夠大撐得起公共服務；缺點是距離現實太過遙遠。
2. 推動區自治
不更動既有的縣市區域劃分，但是賦予區自治屬性，把區從派出機關改成自治團體。優點是簡單；缺點是直轄市好不容易花了八年適應，現在又要來推翻，也沒有可預期的效益。
3. 推動基層全面賦權
賦予基層自治團體更多「選擇」，鄉鎮縣轄市可以選擇要不要取消自治屬性，區可以選擇要不要回復自治屬性，基層自治團體亦可選擇合併或分立。前提是必須經過地方住民複決。優點是自助餐，缺點是一團亂。
4. 推動階段性改革
(1) 第一階段，組織改造。把基層自治團體從二元制改成一元制（法國）或 委員會制（瑞典），引入政黨比例代表制，廢除村里，精簡公所與代表 會編制，打亂派系政治與黑金政治的布局，鬆動既有結構。
(2) 第二階段，擴大覆蓋率。把直轄市轄下的區從派出機關改成自治團體， 可視地方住民意願循序辦理，逐步擴大基層自治團體的覆蓋率。
(3) 第三階段，重組地方自治體系。廢除省與直轄市，以基層自治團體為單 位，以地方優先向上分配為原則，重新組織地方自治體系。